GATK
========================================


.. contents:: Modules included in this section
   :local:
   :depth: 1


.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.CNV_per_Exon

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_CatVariants

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_gvcf

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_hard_filters

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_merge_gvcf

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_pre_processing

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_SelectVariants

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GATK_VQSR

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.GenotypeGVCFs

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.Picard_CollectAlignmentSummaryMatrics

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.Picard_CollectVariantCalling

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.STAT_VEP

.. automodule:: neatseq_flow_modules.GATK_modules.VEP