QIIME (version 1.9)
========================================


.. contents:: Modules included in this section
   :local:
   :depth: 1


.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_prep

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_demult

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_chimera

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_pick_otus

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_pick_rep_set

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_align_seqs

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_filter_alignment

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_assign_taxonomy

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_make_phylogeny

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_make_otu_table

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_filter_samples_from_otu_table

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_filter_otus

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_sort_otu_table

.. automodule:: neatseq_flow_modules.QIIME.qiime_divers